पाचन तंत्र से जीवाणुओं के फैलने से टायफ़ायड ज्वर के लक्षण, संक्रमण होने के पश्चात आने वाले सप्ताहों में और खराब हो सकते हैं। यदि संक्रमण के कारण यह अंग व उसके मांस-तंतु नष्ट हो जाते है तो यह विकट जटिलतायें, जैसे की आंतरिक रक्तस्त्राव अथवा आंत्र विभाजन का एक भाग, उत्पन्न कर सकते हैं।
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